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Come è ben noto, in condizioni di normalità, la mucosa vaginale è "abitata" da una flora di microrganismi ricca e variabile, molto spesso tessuto-specifica. Questa flora microbica può essere adeguatamente suddivisa in due categorie: la flora "residente" che è quasi invariabilmente presente e, se alterata, può essere ripristinata; e una flora "transitoria" che, al contrario, può colonizzare l'ospite per brevi periodi, anche se tende ad essere eliminata dalla competizione dei microrganismi residenti o dai meccanismi di difesa dell'ospite. La flora transitoria può essere composta anche da microrganismi potenzialmente patogeni, ma questa eventualità è comunque poco comune in soggetti in piena salute.
Ad ogni modo, la flora normale vaginale rappresenta un'efficace barriera che diminuisce la probabilità di colonizzazione delle superfici dell'ospite da parte dei microrganismi patogeni (fenomeno detto "resistenza alla colonizzazione").
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